Zalaegerszegen a múzeumalapítás gondolatát először 1898-ban egy hírlapi cikkben Borbély György gimnáziumi tanár vetette fel. 1907-ben ugyancsak Borbély vezetésével a gimnázium tanári kara kezdte gyűjteni a régiségeket, néprajzi emlékeket A tárgyak nagyobb része az I. világháború idején szétszóródott, kisebb része Keszthelyre került.

1935-ben Fára József levéltáros állt élére egy újabb múzeumszervezési mozgalomnak, a munkája nyomán létrejött Göcseji Gyűjteményt azonban nem sikerült múzeummá szervezni, s csak töredéke vészelte át a II. világháborút.

A Göcseji Múzeum 1950-ben jött létre, első szakembere, 1969-ig vezetője Szentmihályi Imre néprajzos volt. A volt Városházán ( Kazinczy tér 1.) először csak két, összesen 50 négyzetméternyi helyiséget kapott, s a Göcseji Gyűjtemény megmaradt néhány tárgyát vehette át.

Az első évtizedben elsősorban a néprajzi gyűjteményt teremtette meg Göcsej archaikus népi gazdálkodásának, lakáskultúrájának, népművészetének emlékeiből. Különösen kiemelkedő sikert hozott a régi földművelés eszközeinek, a pásztorfaragás tárgyainak, elsősorban a díszített mángorlóknak a gyűjtése. A későbbi kutatás számára rendkívül nagy értéket jelent a Szentmihályi által készített több ezer fotó, melyek nagyobb része az akkor még hagyományos göcseji faluképet, a népi építészet az óta elpusztult emlékeit örökítette meg. 1953 őszén megnyílt a Göcsej népi kultúráját bemutató első állandó kiállítása, 1960-ban megjelent a Göcseji Múzeum jubileumi emlékkönyve, benne sok, a megye történetére vonatkozó fontos tanulmánnyal.

1962-ben az intézmény a Megyei Tanács kezelésébe került. Rövid ideig egy-egy régész is dolgozott itt (1962-63-ban Valter Ilona, 1967-69-ben Müller Róbert), de a megfelelő munkafeltételek hiánya miatt mindketten más munkahelyre távoztak.

1963-ban kezdődött a Göcseji Falumúzeum építése. A Göcsej népi építészetét bemutató szabadtéri kiállítás tudományos terveit Barabás Jenő egyetemi docens, Szentmihályi Imre néprajzos múzeumvezető és Tóth János építészmérnök készítették. A rendkívül nagy munka szervezésére a múzeum munkatársi gárdája rendkívül kicsi volt, ezért a Megyei Tanács irányításával egy széleskörű munkabizottság segítette. Hazánk első szabadtéri néprajzi múzeuma 1968. augusztus 20-án nyílt meg. A következő évtizedben ehhez társult három, eredeti helyén megőrzött és múzeumként berendezett múlt századi paraszti porta: Káváson, Csesztregen, Zalalövőn.

1969-ben kapta meg a múzeum a városi tanács nagyon rossz állapotú székházát ( Batthyány u. 2.), amely 1892-ben bérház céljára épült. (Az épületen 1975-ig osztozott a ZTE Sportegyesület irodáival, s 1993-ig a Magyar Olajipari Múzeummal is.) A felújítás 1973-ban befejeződött, ekkor nyíltak meg új időszaki kiállításai, s szeptember 23-án az épület előtt felavatták Gönczi Ferenc, Göcsej legjelentősebb kutatójának szobrát.

Közben, 1972-ben létrejött a Zala Megyei Múzeumi Szervezet, s ennek keretében a Göcseji Múzeum megyei múzeummá vált. 1976-ban Kisfaludi Strobl Zsigmond szobrászművész hagyatékából a földszinti nagy kiállító teremben elkészült a Kisfaludi Strobl Gyűjtemény, amely 1990-ben költözött mai helyére. 1979-ben megnyílt a Zala megye története című állandó kiállítás (1997-ben bontották le.)

1972-től fokozatosan bővült a munkatársak létszáma: régész(ek), művészettörténész, történész(ek), gyűjteménykezelők alkalmazására nyílt lehetőség, fokozatosan korszerű restaurátor műhelyt sikerült kialakítani.

Elsősorban a régészeti tevékenység erősödött meg: az Országos Műemléki Felügyelőséggel, az ELTE Régészeti Tanszékével, a MTA Régészeti Intézetével közös munkákra került sor. 1978-ban megindult a Kis-Balaton régészeti kutatásának előkészítése, ez az 1980-as években az ország egyik legnagyobb tervszerű feltárásává vált. Folytatásaként került sor a Hahóti medence hasonló vizsgálatára. 1980-tól váltak rendszeresebbé és gyümölcsözőbbé a nemzetközi kapcsolatok, elsősorban Ausztria, Németország, Jugoszlávia (később Szlovénia) társintézményeivel. A kibővült, nagyobb gyakorlatú munkatársi gárda 1974 után - az országos és a más megyei kiadványokon kívül - elsősorban a megyei közgyűjtemények közös folyóiratában, a Zalai gyűjteményben, 1987 után saját, Zalai Múzeum című periodikájában adja közre tanulmányait.

1992 után sor került a múzeum épületének újabb felújítására, a padlástérben 1997-ben elkészültek a korszerű munkahelyek, így a felszabaduló épületrészekben korszerű raktárakat sikerült létesíteni.

1996-tól a Göcseji Múzeum intenzíven bekapcsolódott az egymást érő nemzeti évfordulók (a honfoglalás millecentenáriuma, az 1848-49-es forradalom és szabadságharc 150. évfordulója, az államalapítás millenniuma, a Kossuth-év, majd 2003-ban a Deák-év) megünneplésébe. Kiállításaink és rendezvényeink méltó helyszint biztosítottak Zalaegerszeg és a megye polgárainak az emelkedett ünnepléshez.

2000-ben emlékezett meg a múzeum fennállásának 50. évfordulójáról. Ez alkalomból „Régi idők kincsestára” címmel rendezett kiállításunkban adtunk számot a fél évszázad múzeumi tevékenységéről.  Ebben az évben nyílt meg „Központok a Zala mentén” című; új állandó kiállításunk is.

 2003-ban, a Deák-évben két új kiállítóhellyel gyarapodott a Göcseji Múzeum. Söjtörön a Haza bölcse szülőházában és Kehidán, egykori otthonában nyíltak állandó kiállításaink.

1999-től a Göcseji Múzeum régészei is bekapcsolódtak az M7-es, M70-es autópálya és autóút nyomvonalán folyó régészeti feltárásokba. Ez a munka, amely 2007-ig tart, a zalai régészet eddigi legnagyobb vállalkozása.

Munkánk elismeréseként 1996-ban „Az év múzeuma” pályázaton a Művelődési és Közoktatási Minisztérium Múzeumi Osztálya különdíjában részesültünk, 2000-ben a Nemzeti Múzeum különdíját nyertük el. 2001-ben Zala Megye Közgyűlése Nívódíjat, Zalaegerszeg Megyei Jogú Város Közgyűlése pedig Pro Urbe kitüntetést adományozott az intézménynek. 2003-ban a Göcseji Múzeum lett Az Év Múzeuma.

A múzeum igazgatói:

1950 - 1969: Dr. Szentmihályi Imre

1970 - 1972: Dr. Reményi K. András

1972 - 1992: Dr. Németh József

1992 -           Dr. Vándor László